Il Palazzo delle Esposizioni fu riaperto nel 1990 con tre mostre che utilizzavano i tre livelli dell’edificio: al piano monumentale La grande Roma dei Tarquini, curata dalla Soprintendenza comunale, al piano superiore Peter Paul Rubens, al piano inferiore una mostra dedicata a Mario Schifano, evidenziando così la molteplicità degli eventi espositivi che simultaneamente potevano aver luogo nel palazzo, ed anche la tendenza ad affrontare al tempo stesso temi di arte antica e contemporanea. Nel 1990 iniziò anche un ciclo di mostre di ricognizione sui giovani artisti, che durò fino alla quinta edizione.
Il tema di Roma, come analisi della cultura e della storia della città, è stato in questo decennio, ed oltre, tra i filoni più continuativi: nelle arti visive (con la mostra Roma anni '60: al di là della pittura, e con quella dal titolo Tutte le strade portano a Roma, una sorta di omaggio alla città nel campo dell'arte, della fotografia, del cinema, della grafica, della poesia); nella ricostruzione di momenti particolarmente significativi nella storia della città: con la mostra Roma sotto le stelle del '44, storia cronaca e cultura dalla guerra alla liberazione, su un periodo drammatico ma, nonostante tutto, culturalmente assai vitale, esaminato cinquant'anni dopo; con la mostra Roma 1948-1959. Arte, cronaca e cultura dal neorealismo alla dolce vita, realizzata nel 2002, che attraverso una grande quantità di opere, di oggetti di arte applicata, di documenti, e una sterminata massa di fotografie e di filmati, ricostruiva uno dei periodi più fervidi nella storia della città. Infine, per quanto riguarda l'archeologia, la mostra Aurea Roma documentava l’età tardo antica dalla Roma imperiale fino all'avvento del cristianesimo con oltre 400 reperti ed opere di straordinaria bellezza.
Sono state realizzate importanti retrospettive dedicate a grandi artisti italiani del novecento tra cui Giorgio de Chirico pictor optimus, nel 1992; Alberto Burri: opere dal 1944 al 1955, nel 1996; Enrico Prampolini: dal futurismo all’informale, nel 1992; Fortunato Depero: dal futurismo alla casa d’arte, nel 1994 (queste ultime due hanno anticipato la grande mostra sul Futurismo 1909-1944 realizzata al Palazzo delle Esposizioni nel 2001 in collaborazione con il Museo Sprengel di Hannover). Un importante evento fu la mostra di Richard Long nel 1994: otto installazioni appositamente realizzate dall’artista per gli spazi del Palazzo delle Esposizioni.
Impossibile elencare tutte le mostre fatte in questi anni, da quelle di archeologia (Lisippo l'arte e la fortuna, 1995; Ulisse il mito e la memoria, 1996), di arte del passato (Tiziano. Amor sacro e amor profano, nel 1995; El Greco. Identità e trasformazione, nel '99; la mostra dedicata all'opera di Francesco Borromini, nel 1999, e quindi ancora un tema incentrato nella città di Roma; L'idea del Bello. Viaggio per Roma nel Seicento con Giovan Pietro Bellori, una mostra bellissima sul filone classicista dell'arte del XVII secolo e sui rapporti con l'antico, allestita dall'architetto Lucio Turchetta e curata dal Ministero per i Beni Culturali. Infine vanno ricordate due mostre originali nell'elaborazione dei materiali e nella comunicazione: quella di Studio azzurro nel 1999, che invase le sei sale principali del palazzo con installazioni multimediali interattive, e Le Temps, una mostra ideata dal Centre Pompidou di Parigi, anche in questo caso realizzata con interventi multimediali accanto ad opere di artisti contemporanei.
Con la XII Quadriennale riprese, nel 1992, l'attività dell'Ente all'interno del Palazzo delle Esposizioni (quella precedente, avvenuta durante i restauri, era stata allestita al Palazzo dei Congressi all'EUR). Questa edizione, intitolata Profili, doveva svolgersi in varie sezioni: la prima, dedicata a soli 33 artisti di varie tendenze, la seconda, inaugurata nel settembre 1996 in due sedi (Palazzo delle Esposizioni e Ala Mazzoniana alla Stazione Termini), allestite da Massimiliano Fuksas, presentava le ultime generazioni e rifletteva negli inviti, anche in questo caso, le diverse scelte critiche. Infine, nel giugno 1999, con Proiezioni 2000. Lo spazio delle arti visive nella civiltà multimediale, la XIII edizione della Quadriennale, allestita da Enzo Serrani, tentava di registrare tutte le tendenze in atto, in una mostra tipo Salon (come dichiarato da Lorenza Trucchi allora Presidente dell'Ente Quadriennale).